上海市儿童医院伦理委员会是医院设立的独立的部门，直接由院长负责。共设立医院层面伦理委员会1个，主要负责整个医院的医疗与科研过程中处理一些与医学伦理相关的问题，同时负责制定伦理委员会年度计划及相关工作的指导与考核。本伦理委员会负责对本院资助的、或本院职工承担实施的、或在本院开展的涉及人体的生物医学研究项目进行审查。伦理委员会审查的主要类别包括（但不限于）：药物临床试验、医疗器械临床试验、涉及人的生物医学研究科研项目。医院设伦理委员会兼职秘书两名，负责开展日常伦理审查和监督工作。伦理委员会的工作旨在保护受试者和病人的合法权益，促进医患关系的和谐发展。

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