上海市儿童医院普外科是由我国著名小儿外科创始人马安权教授于1954年创立，是我国最早的小儿外科专业。经过半个世纪的发展，目前已发展成为包含新生儿外科、普外科、肿瘤外科、神经外科等专业齐全的学科。现有医师13人，其中博士生导师1名，主任医师2名，副主任医师5名，博士2人，硕士3人，人才梯队阵容整齐，结构合理。近年来学科密切关注小儿外科领域的技术创新和发展趋势，依托医院强大的新生儿专业、血液病专业、NICU、PICU的技术力量，大力开展新生儿外科手术、小儿微创外科技术和各种恶性肿瘤的手术及综合治疗，诊治水平跨入国内先进行列。
各专业范围诊治疾病范围：
    新生儿外科专业：食道闭锁、食道裂孔疝、先天性膈疝、腹裂、脐膨出、十二指肠闭锁、环状胰腺、幽门肥厚、先天性肠旋转不良、肠道闭锁、胆道闭锁、先天性巨结肠、先天性肛门直肠畸形肛等。
    普通外科专业：甲状腺肿块、梨状窝瘘等颈前各种肿块及瘘管；胆总管囊肿、胆道闭锁、胰腺囊肿等各种肝、胆、胰、脾疾病；先天性巨结肠、肠重复畸形等胃肠道先天性畸形；腹股沟斜疝等各种疝；各种复杂肛瘘；急性肠套叠、嵌顿疝、急性阑尾炎、急性肠梗阻、急性消化道出血、急性胰腺炎、腹部外伤等各种小儿外科急腹症。
    肿瘤外科：神经母细胞瘤、肾母细胞瘤、各部位的良、恶性畸胎瘤、骶尾部肿瘤、肝脏肿瘤、横纹肌肉瘤、血管瘤、淋巴管瘤等的诊断及手术。