医院在科研教学方面也取得了可喜成绩。
    二年中承担国家“863”“973”“985”重大科研专项、四项国家自然科学基金在内的国家级课题和市级在研项目共14项，总经费达43604万元，课题经费位居上海交通大学医学院第二名。
    胚胎干细胞的研究取得突破性进展，获国际同行认可，相关论文在国际权威杂志发展。获中国基础研究十大新闻奖。

    上海儿童医院医院欢迎各地医生来我院进修。为保证进修生质量，对申请者的基本要求如下：临床医生必须为医本科毕业、从事临床工作三年以上、年龄40岁以下，目前在区、县级以上医院工作，并且已经获得"执业医师资格证书"。正式报到时，必需携带资格证书，对于已经获得执业资格，但是由于各种原因尚未领到证书者，必须由单位人事部门出具证明信，说明原因。
    申请者可以填写当地卫生管理部门印制的进修申请表，请按照表格要求逐项填写，加盖单位公章后，寄来我院科教科。